L'orgue est un Casavant datant de 1921, acquis à l'époque au coût fabuleux de 25,000 $. Il fut restauré en 1979 par la maison Guilbault Thérien de St-Hyacinthe pour commémorer le 150^e anniversaire de l'érection canonique de la paroisse. Cet orgue à traction électro-pneumatique comporte 63 jeux, quatre claviers et un pédalier. La console est mobile. Derrière la façade de l'orgue logent 4500 tuyaux. Les trompettes à l'horizontale, dites en chamade, sont d'inspiration espagnole. Le grand orgue, d'esthétique française, est un des instruments dits "romantiques" les plus appréciés des organistes du Québec et de l'étranger.

Il correspond parfaitement à l'exécution des pièces du répertoire. Le nombre impressionnant de concerts donnés par des artistes d'ici et de l'étranger témoigne d'une façon éloquente de la beauté de ce joyau de notre patrimoine musical.

« S'il est un orgue à Rimouski et dans la région dont la réputation n'est plus à faire, c'est bien celui de la Cathédrale Saint-Germain de Rimouski. Cet instrument, qui remplaça l'orgue Warren et 1921, a déjà toute une histoire derrière lui. Pour les gens déjà intéressés et pour les visiteurs qui ont participé depuis quelques étés aux visites guidées de la Cathédrale, l'histoire de l'orgue, liée au bâtiment centenaire qui l'abrite, est davantage connue. Mais pour les autres et pour ceux qui aiment se remémorer des souvenirs, laissez-vous transporter encore une fois dans le passé. »

« Le soir du 21 novembre 1921, l'assistance était fébrile. Le grand organiste Joseph Bonnet, titulaire à l'église St-Eustache à Paris, allait inaugurer le nouvel orgue de la Cathédrale Saint-Germain de Rimouski, œuvre des facteurs Casavant & Frères, un grand instrument de 59 jeux, quatre claviers et pédalier. »

« L'installation de cet orgue d'esthétique dite romantique, qui alliait les jeux propres de l'orgue à ceux imités de l'orchestre, coïncidait avec les dernières retouches architecturales portées à la Cathédrale par la construction de galeries latérales tout autour de la nef et du chœur. Ces grandes galeries, de même que le baldaquin illuminé, plusieurs statues et les confessionnaux du déambulatoire, ont disparu pendant les années 1967-68 alors que l'on changea radicalement l'intérieur de la Cathédrale, le ramenant à la simplicité et au dénuement. Le Concile Vatican II ayant remis le chant en assemblée à l'honneur, on transporta l'animation à l'avant des fidèles, ce qui imposa le déplacement de l'orgue du jubé vers son emplacement actuel. À cette époque, l'orgue n'avait subi aucune modification sonore ni réparation majeure. »

« En 1979, l'âge de l'instrument se fait sentir et l'on décide de lui donner une bonne cure de rajeunissement. Le titulaire de l'instrument, Jean-Guy Proulx, en collaboration avec l'abbé Antoine Bouchard et l'organiste Antoine Reboulot, soumet l'idée de donner une esthétique symphonique française à l'orgue de la Cathédrale, reflétant l'évolution sonore de l'orgue du 17e au 20e siècle et permettant ainsi d'y jouer la majeure partie du répertoire. Des travaux majeurs, répartis sur dix mois ont eu lieu, consistant en une réfection mécanique de l'instrument, un recuirage complet des soupapes, le tout complété par cette révision sonore prévue à partir des tuyaux existants et par l'ajout de tuyaux neufs. À la suite de ces travaux, l'orgue de la Cathédrale compte 69 jeux. »

« C'est depuis ce temps que l'on peut entendre résonner les trompettes en chamade qui projettent sans ménagement leur son éclatant dans la nef, et que l'on peut aussi, pour le plus grand bonheur des auditeurs, mettre l'organiste au premier plan lors des concerts avec la plate-forme mobile de la console. »